課程資訊
課程名稱
高通量技術概論與數據分析
Introduction to high-throughput technique and data analysis 
開課學期
104-2 
授課對象
醫學院  基因體暨蛋白體醫學研究所  
授課教師
張以承 
課號
Genom7008 
課程識別碼
455 M0080 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期五3,4(10:20~12:10) 
上課地點
 
備註
本課程中文授課,使用英文教科書。地點:基因體5樓501室。與江士昇、周祐吉、鄭婷仁、毛溪山、徐唯哲、姚文萱、陳逸然、楊振翔合開。與李弘元、郭錦樺、陳沛隆、潘思樺、盧子彬合開
總人數上限:30人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1042Genom7008 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

生物體複雜度極高, 現代生物醫學逐漸由”hypothesis-driven”轉成”hypothesis-free”, 高通量技術將成為必備之知識, 整個基因組乃至於整個國家, 都成為分析的目標, 本課程介紹常用全基因組定序, 轉錄體, 蛋白體學, 與代謝體學方法。並介紹全基因組RNAi/CRISPER 篩選, 全基因組基因剔除小鼠資源, 高通量小分子藥物篩選, 與人體生物醫學資料庫乃至於與全民健保資料庫的連結。課程除了技術概論, 還包含數據分析之基本原理。 

課程目標
熟悉實驗是常用高通量技術之原理與分析技巧 
課程要求
簽到(50%)、報告(40%)、課堂討論 (10%) 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
Nature Biotechnology: Computational Biology Primers http://www.liacs.nl/~hoogeboo/mcb/nature_primer.html 
參考書目
Nature Biotechnology: Computational Biology Primers http://www.liacs.nl/~hoogeboo/mcb/nature_primer.html 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
2/26  1.Introduction to basic concept 台大醫學院基蛋所張以承
 
第2週
3/04  2.Genome-wide association and linkage analysis 台大醫學院基蛋所張以承 
第3週
3/11  3. cDNA microarray (I) 台大公衛學院盧子彬

 
第4週
3/18  4. cDNA microarray (II) 國家衛生研究院江士昇

 
第5週
3/25  5. Genome-wide RNAi screening/CRISPR 中央研究院分生所周祐吉
 
第7週
4/08  6. High-throughput small molecule screening (I)中研院基因體研究中心鄭婷仁
 
第8週
4/15  7. High-throughput small molecule screening (II)中研院基因體研究中心毛溪山
 
第9週
4/22  8. Next-generation sequencing (I) 台大醫學院基蛋所陳沛隆

檔案下載https://www.dropbox.com/s/doit23rab9huayz/0_NGS_20160422-9_for_students.pdf?dl=0 
第10週
4/29  9. Next-generation sequencing (II) 中央研究院分生所徐唯哲
 
第11週
5/06  10. Next-generation sequencing (III) 中央研究院生醫所姚文萱
 
第12週
5/13  11. Proteomics (I)台大醫學院基蛋所潘思樺
 
第13週
5/20  12. Proteomics (II) 中央研究院植微所陳逸然
 
第14週
5/27  13. Metabolomics (I)台灣大學藥學系郭錦樺
 
第15週
6/03  14. Metabolomics (II)台大醫院內科李弘元
 
第16週
6/17  15. Data Integration 中研院統計所楊振翔
 
第17週
6/24  16. 報告繳交與討論 台大醫學院基蛋所張以承 潘思樺